Pada tahun 2012 terkhususnya di Kota Batam, kuota Pendidikan di Sekolah Dasar Islam Terpadu masih sangat terbatas dan jikapun ada maka terhambat dengan biaya Pendidikan yang cukup tinggi terlebih bagi masyarakat menengah kebawah. Melihat kondisi dan situasi tersebut serta adanya keinginan yang tinggi dalam membantu menyediakan Pendidikan Formal bagi masyarakat sekitar, beberapa orang “Hamba Allah” tergerak untuk mengadakan kegiatan belajar mengajar yang bermula dengan menyewa rumah kecil dan atas izin Allah ta’ala berhasil diikuti oleh 25 siswa/i.

Lalu pada tahun 2013 atau tepatnya 13 Mei 2013, didirikan lah Yayasan Pendidikan Pondok Pesantren Imam Syafi’i Batam atau yang sekarang dikenal dengan nama Pontrenis Batam sebagai wadah atau payung resmi Pondok Pesantren yang terdaftar pada Akta Pendirian; No.4 taanggal 17 Mei 2013 dan SK. Menteri Hukum & HAM Republik Indonesia dengan Nomor: AHU – 3979.AH.01.04 Tahun 2013. Serta diikuti dengan diadakan penggalangan dana (donasi) untuk pembebasan lahan seluas 500 meter2 untuk wakaf Pondok Pesantren sebagai langkah lanjutan dalam mengadakan dan mengembangkan Pendidikan Formal bagi masyarakat sekitar.

Mewujudkan generasi bangsa yang berakidah yang benar dan berakhlak yang baik melalui pendidikan Islam merupakan visi utama didirikan Pontrenis Batam, dengan misi yaitu menyelenggarakan pendidikan formal dalam bidang agama di jenjang Salafiyah Ula, Salafiyah Wustha dan Salafiyah, menyelenggarakan kegiatan keagamaan untuk masyarakat luas, serta menciptakan kader-kader dan lulusan yang bisa bermanfaat untuk agama dan bangsa.

Dalam perkembangannya dengan perlahan dari 2012, Pontrenis Batam berhasil mendapatkan antusias yang tinggi dari masyarakat terutama masyarakat sekitar Kota Batam. Hal ini terbukti dengan tingginya minat dan keinginan masyarakat sekitar untuk menyekolahkan anaknya di Pondok Pesantren ini. Fasilitas yang tersedia memadai sedangkan biaya Pendidikan terjangkau bagi masyarakat yang kurang mampu, hal tersebut merupakan komitmen Pontrenis Batam dalam menyediakan Pendidikan berbasis Islam Terpadu.

Pontrenis Batam terus berupaya mengembangkan Lembaga Pendidikan dan atas izin Allah ta’ala, Pontrenis Batam berhasil mendapatkan kepercayaan dan tempat di hati masyarakat serta berhasil menjadi salah satu Pondok Pesantren terbesar di Kota Batam.

Hingga kini (Tahun 2022), Pontrenis Batam telah memiliki hampir 500 santri-santriwati dan telah membantu banyak masyarakat sekitar dalam memfasilitasi Pendidikan Formal bagi anak-anaknya. Tidak hanya itu, melalui pihak Yayasan juga telah didirikan dan dibentuk berbagai Lembaga yang bergerak di berbagai bidang. Diantaranya, bidang sosial seperti Badan Manajemen Zakat Infak Sedekah (BM-ZIS) Pontrenis yang telah resmi sebagai Unit Pengumpul Zakat ( UPZ ) BAZNAS Batam dan telah banyak membantu dalam kegiatan sosail, pendidikan dan ataupun keagamaan seperti kegiatan donasi, penyaluran sembako & zakat, pemberian beasiswa Pendidikan, dan lain-lain.

Bidang Ekonomi seperti Badan Usaha (BU) Pontrenis yang menyediakan pinjaman atau kredit terkhususnya bagi staff dan pengajar yang kurang mampu. Bidang Peribadahan seperti Takmir Masjid yang rutin mengadakan kegiatan kajian rutin serta kegiatan keagamaan lainnya. Dan kini untuk menunjang kemudahan bagi donatur dalam ikut berdonasi membangun Lembaga Pendidikan ini juga telah dibuat Platform Digital dengan nama InfakOnline.id sebagai wadah atau tempat yang memudahkan bagi para muhsinin (donatur) dalam bersedekah, membayar zakat, berdonasi dalam berbagai kampanye seperti Pembebasan Lahan Pondok, Pengadaan Sembako Bagi Guru, Pengadaan Bantuan bagi Janda Fakir Miskin, Pengadaan Peralatan Dakwah Masjid dan lain-lain.

Perkembangan dan kemajuan Pontrenis Batam tidak luput dari niat awal membangun Lembaga Pendidikan ini serta dengan bantuan doa dan galangan dana dari masyarakat sekitar. Perlahan tapi pasti, Pontrenis Batam terus berupaya mengembangkan diri agar dapat terus memberikan manfaat bagi banyak orang. Dan semoga apa yang telah diusahakan, apa yang telah dikorbankan (waktu, tenaga, pikiran, materi) mendapatkan balasan kebaikkan di sisi Allah ta’ala kelak di yaumul akhir nanti.